تاریخچه بیمارستان مرکز طبی کودکانساخت بیمارستان مرکز طبی کودکان در سال ۱۳۳۷ توسط مرحوم دکتر حسن اهری پیشنهاد شد. ایشان فکر ساخت این مرکز را ره آورد سفری دانست که به همراه مرحوم دکتر محمد قریب بنیانگزار طب نوین اطفال ایران به شهر مونترال کانادا برای شرکت در نهمین کنگره بین المللی بیماریهای کودکان داشتند. در این سفر ایشان از بیمارستان های کودکان آن شهر و شهر تورنتو و چند مرکز علمی ویژه کودکان در آمریکا بازدید داشتند. از آنجائیکه بسیاری از آن مراکز توسط نیکوکاران با توان مالی متفاوت، حمایت می شد ایشان در تحقق این هدف بر روی کمک افراد و سازمانهای نیکوکار برنامه ریزی کرده و به عنوان اولین گام، اندوخته خود را در فروردین سال ۱۳۴۰ برای این منظور اهدا کرد. پس از آن با ارائه شواهد و آمار موجود در مورد مرگ و میر و شیوع بیماریهای کودکان به نیکوکاران، نظر آنها را جهت ساخت این مرکز جلب نمود.همکاری دکتر فرهاد و دکتر قریب در تحقق این هدف نیز تأثیر بسزائی داشت اما از آنجائیکه این مبالغ نمی توانست پاسخگوی هزینه های ساخت و تجهیز این بیمارستان باشد به ناچار از سازمان های ملی و دولتی استمداد طلبیدند و سرانجام موضوع ساخت این مرکز در برنامه سوم دولت قرار گرفت و مسئولیت اجرای این طرح در دی ماه ۱۳۴۰ به خود دکتر اهری واگذار شد. ایشان در طراحی این بیمارستان از نقشه بیمارستانهای اطفال کانادا، آمریکا و سوئیس الگو گرفت و بالاخره در مهرماه سال ۱۳۴۲ عملیات ساختمانی بیمارستان آغاز شد.در ساخت و تجهیز بیمارستان علاوه بر کمک خیرین، سازمان برنامه وقت، دانشگاه تهران و جمعیت شیر و خورشید ایران مشارکت داشتند و خرید تجهیزات خارجی بیمارستان با واسطه صلیب سرخ جهانی صورت گرفت و بدین ترتیب صرفه جویی قابل توجهی در صرف اعتبارات آن بعمل آمد. دکتر اهری همزمان با تصویب طرح ساخت این مرکز، جمعیتی را به نام جمعیت طرفداران مرکز طبی کودکان تشکیل داد که اولین جلسه این جمعیت در آذرماه ۱۳۴۰ تشکیل و در سال ۱۳۴۴ به ثبت رسید و دارای شخصیت حقوقی شد.در  آبان ماه سال ۱۳۴۶ با جلب نظر مسئولین دانشگاه تهران و تصویب آئین نامه های مربوطه، اداره مرکز به جمعیت طرفداران مرکز طبی واگذار شد و جمعیت نیز مسئولیت آماده سازی و افتتاح مرکز را برعهده گرفت. سه ماه پس از این واقعه یعنی در ۲۸ اسفند ماه ۱۳۴۶ مصادف با عید سعید غدیر دو واحد درمانگاهی فیزیوتراپی و دندانپزشکی مرکز نیز افتتاح شد. بدنبال آن در اردیبهشت سال ۱۳۴۷درمانگاه بهداشت کودکان و در شهریور همان سال درمانگاه بیماری های کودکان و بخش یک بستری بیماران آماده گردید. سرانجام در پانزدهم آبانماه سال ۱۳۴۷ سایر بخش های بیمارستان آماده و بیمارستان رسما" افتتاح شد.در ابتدا بیمارستان با بخش های عفونی، کلیه، خون، غدد، جراحی، اورژانس و درمانگاه های تخصصی شروع به کار کرد اما بتدریج با پیشرفت علم و تکمیل کادر علمی بیمارستان بخش هایی همچون گوارش، ایمونولوژی و آلرژی، قلب، نوزادان، روماتولوژی، اعصاب ، جراحی اعصاب، ارولوژی، ارتوپدی وسایر بخشهای فوق تخصصی و پاراکلینیک به آن اضافه شد.در سال ۱۳۶۷ عملیات ساخت ساختمان شماره ۳ آغاز و در سال ۱۳۷۹ به اتمام رسید.پروژه عظیم ساخت ساختمان شماره ۲ بیمارستان که امکان افزایش بخشها و تختهای بستری را فراهم می ساخت طی سالهای متمادی توسط رؤسای مختلف بیمارستان من جمله دکتر ربانی، دکتر میلانی و دکتر موحدی و مدیریت آقای مخبر پیگیری می شد که سرانجام طی سالهای ۱۳۹۰-۱۳۸۸ با همت دکتر ربانی و با مدیریت دکتر محمدپور و دکتر رضایی رسما افتتاح و مورد بهره برداری قرار گرفت.