به دنبال آغاز رسمی فعالیت دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی در سال ۱۳۶۵، مرکز پزشکی مسیح دانشوری زیر مجموعه این دانشگاه قرار گرفت. «مرکز تحقیقات سل و بیماریهای ریوی» که در محوطه فیزیکی مرکز پزشکی دکتر مسیح دانشوری واقع شده در سال ۱۳۷۱ شمسی تاسیس و شروع به کار نمود. در سال ۱۳۷۷ شمسی، «مرکز تحقیقات سل و بیماریهای ریوی» و «بیمارستان مسیح دانشوری» با یکدیگر ادغام و به عنوان مرکز آموزشی، پژوهشی و درمانی سل و بیماریهای ریوی(بیمارستان دکتر مسیح دانشوری) تغییر نام یافت. در سال ۱۳۷۸ مرکز پزشکی مسیح دانشوری به عنوان قطب علمی منتخب کشور در زمینه سل و بیماریهای ریوی توسط وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی برگزیده شد. در سال ۱۳۸۴ بانک توسعه اسلامی (IDB) این مرکز را به نام مرکز هماهنگی‌های آموزشی TAO /SRVP بانک برگزید. سال ۱۳۸۶ این مرکز به عنوان «مرکز همکاریهای آزمایشگاهی سل اتحادیه جهانی سل و بیماریهای ریوی» (IUATLD) انتخاب گردید. همچنین در سال ۱۳۸۶ پژوهشکده سل و بیماریهای ریوی شامل ۵ مرکز تحقیقاتی مصوب دانشگاه با حضور دکتر حداد عادل رئیس وقت مجلس شورای اسلامی افتتاح گردید. سال ۱۳۸۷ مرکز تحقیقات پیشگیری و کنترل دخانیات پژوهشکده سل به عنوان مرکز همکاریهای کنترل دخانیات سازمان بهداشت جهانی WHO برگزیده شد که تا کنون ادامه دارد. در حال حاضر مرکز پزشکی مسیح دانشوری مرکز رفرانس برنامه های آموزشی و تحقیقاتی سل و آزمایشگاه مرجع مایکوباکتریولوژی در سطح کشور است، دومین آزمایشگاه مرجع ویروس شناسی کشوردر زمینه spanN1 به شمار می رود و همچنین تنها مرکز پزشکی از راه دور کشور در بیمارستان مسیح دانشوری مستقر می باشد.